参考ページ：
Top 84 MySQL Performance Tips(全英文)
MySQLのINSERT文を高速化する
MySQLの最適化
MySQLの最適化－２
一日目午後：MySQLの最適化
5 MySQL Optimisation

ざっとまとめると
INSERTを一つずつ実行しても大量データは時間がかかる。
1000万件を一瞬でなんて、難しいが近づけることは可能。
UPDATEは遅いので、INSERTしたほうがいい。
でも、DELETE->INSERTは遅いので、REPLACEを使うほうが早い